Den 6. december 2013 var en dramatisk dag på Vikingeskibsmuseet. Stormen Bodil ramte landet, og vandstanden i Roskilde Fjord steg over to meter. Vandet truede med at oversvømme hele museumsbygningen, der ligger langs kysten. Politiet, Beredskabsstyrelsen og Hjemmeværnet blev tilkaldt, og sammen med museets personale arbejdede de i døgndrift for at sikre skibene.

Træet i vikingeskibene kan ikke længere tåle vand – hvilket er noget ironisk, idet de netop blev bygget for at kunne modstå stormene på vikingernes søfart. I 2013 var det eneste, der stod mellem stormfloden og noget af Danmarks mest ikoniske kulturarv, en plastpresenning og en hastigt opført barrikade af sandsække.