Universiteternes forskning og undervisning har traditionelt foregået inden for en ramme af akademisk frihed, men politiske interesser i samfundet har altid sat grænser for friheden. Siden middelalderen har der været tale om en balancegang, hvor den politiske magt på den ene side har anerkendt universiteternes akademiske frihed, men på den anden side også har stillet relevanskrav til den uddannelse og viden, universiteterne forventes at levere. Denne balancegang er ikke altid let, som det ses af de seneste måneders debat. Men debatten er faktisk gammel.

Middelalderens universiteter skulle styrke troen og staten. Således også i Danmark, hvor Københavns Universitet i 1479 blev oprettet i et samarbejde mellem kirke og kongemagt. Det katolske universitet udviklede sig i 1520erne til en ideologisk kampplads, hvor yngre lærere og en stor del studerende tilhørte en revolutionær, luthersk fløj. Til sidst gik universitetet i opløsning, indtil Christian 3. i 1536 satte den katolske kirke ud af spillet og gennemførte Reformationen. Universitetet blev genåbnet som luthersk i 1537, og to år efter blev en ny fundats og ordinans for Københavns Universitet udstedt af kongen og rigsrådet.